Ставропольская крепость с момента своего основания выполняла и функцию хранилища для военного имущества и продовольствия. Через несколько лет после упразднения крепости по инициативе управляющего гражданской частью на Кавказе и командира Отдельного Кавказского корпуса генерала Алексея Петровича Ермолова на её территории стал складываться комплекс Комиссариатской и Провиантсмейстерской комиссий (первая занималась снабжением армии деньгами, оружием, промышленными товарами, инструментами; вторая – продуктами), а позже – Интендантства Кавказской армии.
Ранее обеспечение Кавказского корпуса всем необходимым осуществлялось через службы, расположенные в крепости Святого Дмитрия (сегодня город Ростов-на-Дону).

Однако, уже в 1817 г. в своем письме дежурному офицеру Генштаба российской армии А.А. Закревскому, Ермолов пишет: «Теперь я принимаюсь за комиссариат. Никогда из Дмитриевского депо не присылают вовремя амуниции, никогда, не доставляют полной. Ежели пришлют сукно, не отпустят подкладки… Мне хочется из крепости Св[ятого] Дмитрия перевести комиссариатскую комиссию в Ставрополь. Там построены новые казармы для квартированных некогда драгун. Строения прекрасные и для войск на линии никогда не будут надобны. Жаль, если без пользы обрушатся».
В целях налаживания более эффективного снабжения армии архитектору штаба войск Кавказской линии и Черномории Ивану Францевичу Руско поручили подготовку проекта вещевого магазина, подчиненного Комиссариатской комиссии. С этого началось складывание комплекса служб снабжения армии на Крепостной горе.
В 1819 г. Комиссариатская комиссия была переведена в Ставрополь. Под ее нужды задействовали прежние постройки Ставропольской крепости.

Новое же здание вещевого магазина для военного имущества построили в 1820-е гг. Оно являлось грандиозным для своего времени сооружением. Каменное двухэтажное здание протянулось по территории крепости с юга на север с отклонением почти на сто метров. С западной стороны, обращенной внутрь территории Комиссариатства, здание имело двухуровневую галерею с линиями широких смежных аркообразных проемов. По восточной стене вещевого магазина шли решетчатые окна, похожие на бойницы. Внутри располагались многочисленные складские помещения с окованными железом дверьми. Одно из помещений вещевого магазина занимала комната образцов вооружения и обмундирования, которые поставлялись в армию.
В 1864 г., с окончанием Кавказской войны, Комиссариатская и Провиантмейстерская комиссии были упразднены, а их функции передали Главному Интендантскому управлению, которое разместилось на той же территории.
В конце XIX в. стоимость всех строений Интендантства оценивалась в 158400 рублей серебром, а стоимость военных запасов превышала 1 миллион рублей.

В советский период Интендантство также выполняло свои функции. В 1920-1930-е гг. здесь хранилось обмундирование и вооружение Красной Армии. Во время немецко-фашистской оккупации здания использовались немцами как склады.

Уходя из города в январе 1943 г., они сожгли строения Интендантства вместе с хранившимися там обмундированием и боеприпасами. В 1940-1960-х гг. большая часть этих строений была разобрана.